Tam quốc chí chú đề cập rằng Tôn Quyền là hậu duệ đời thứ 22 của Tôn Vũ (tức Tôn Tử), một nhà quân sự kiệt xuất thời Xuân Thu và là tác giả của Binh pháp Tôn Tử. Tôn Quyền chào đời vào năm 182 đời vua Linh Đế Nhà Hán, khi đó Tôn Kiên vẫn là một quan chức cấp thấp phục vụ Nhà Hán. Năm 184, tức hai năm sau khi Tôn Quyền chào đời, Khởi nghĩa Khăn Vàng do Trương Giác cầm đầu đã lan rộng khắp Trung Quốc. Tôn Kiên gia nhập quân của Chu Tuấn để trấn áp nghĩa quân và dời gia đình về Thọ Xuân[4][Ghi chú 1]. Khi Tôn Sách, trưởng huynh của Tôn Quyền gặp Chu Du năm 189, Tôn Sách quyết định đưa mẹ là Ngô phu nhân và các em về huyện Thư, quê nhà của Chu Du. Từ đó, nhà họ Tôn kết mối giao hảo với Chu Du.

Sách Giang Biểu truyện mô tả về tướng mạo và tính cách của Tôn Quyền[3]

Vào thời Kiên làm Hạ Bì Thừa thì Quyền sinh, má vuông miệng lớn, mắt có ánh sáng, Kiên thấy lạ, cho là có tướng quý. Đến lúc Kiên chết, Sách nổi dậy ở Giang Đông, Quyền thường đi theo. Suy nghĩ sáng suốt, có nhân lại quyết đoán, ưa hiệp khách, nuôi kẻ sĩ, bắt đầu được biết tiếng, sánh ngang với cha anh. Hễ cùng tham gia mưu tính, Sách rất cho là kì, tự cho mình không theo kịp. Hễ mời họp tân khách, thường ngoảnh bảo Quyền rằng: "Các vị ấy là tướng của ngươi đấy.

Sứ giả Nhà Hán là Lưu Uyển khi gặp qua 4 anh em họ Tôn thì nhận định tuy rằng họ là những người có tài năng và sáng suốt nhưng không có phúc hưởng, chỉ duy nhất có người ở giữa (chỉ Tôn Quyền) là tướng đại quý, tuổi thọ lâu dài mà thôi[3]. Quả nhiên về sau Tôn Sách bị thích khách ám sát mà chết, Tôn Dực cũng bị thuộc hạ giết hại khi tuổi đều còn rất trẻ[3].

Sau khi Tôn Kiên chết vào năm 191, nhà họ Tôn dời đến Giang Đô để lo hương khói cho Tôn Kiên. Hai năm sau, Tôn Sách đầu quân cho Viên Thuật và lệnh cho Lã Phạm đưa gia đình về nương nhờ nhà của người cậu là Ngô Cảnh. Tuy nhiên, Lưu Yên, tướng giữ chức Dương châu mục tức giận vì Tôn Sách và Viên Thuật đánh bại Lục Khang ở Lư Giang. Ông ta còn thấy sẽ bị tấn công tiếp nữa nên đã đuổi Ngô Cảnh ra khỏi lãnh địa Đan Dương. Vào lúc đó, Tôn Quyền và mẹ ông vẫn ở trong lãnh thổ của Lưu Yên. Thuộc cấp của Tôn Sách là Chu Trị giải thoát cho gia đình họ Tôn và chăm sóc họ. Tôn Quyền và mẹ sau đó về Phù Lăng.

Khi Tôn Sách đánh bại Lưu Yên năm 195, ông ra lệnh cho Trần Báo rước gia đình mình về Đan Dương. Tôn Quyền phục vụ dưới quyền Tôn Sách. Khi ông trưởng thành, ông đã đi theo anh trai trong chiến dịch chinh phạt vùng đồng bằng phía nam sông Dương Tử. Ông được Tôn Sách phong làm Phụng Nghĩa giáo úy ở Dương Tiên [Ghi chú 2] vào năm 196, khi đó ông mới lên 14, và tiếp tục được thăng chức và dần đảm nhận các công việc quan trọng hơn. Tôn Quyền được biết đến là một người thông minh và khéo léo thích kết giao bằng hữu. Danh tiếng của ông không thua kém gì cha và anh trai. Ông đã kết giao với Chu Nhiên và Hồ Tống trong thời trẻ của mình. Cả hai người này về sau đều trở thành trọng thần Đông Ngô. Phan Chương và Chu Thái cũng trở thành gia thần dưới trướng ông. Tôn Sách cũng rất ấn tượng với người em trai này và nói rằng ông sẽ để người của mình cho Tôn Quyền quản lý trong tương lai. Năm 199, Tôn Quyền được bổ làm Giáo úy (校尉) và đi theo anh trai chinh phạt Lư Giang và Dự Chương. Tào Tháo khi đó đang tìm cách lấy lòng Tôn Sách. Cả Tôn Quyền cùng em trai Tôn Dực đều được mời đến làm quan ở Hứa Xương nhưng họ từ chối.